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始，榆林府和延安府属县相继发生大疫，崇祯十年“大瘟，脂城中死者枕藉。崇祯十三年（1640年），顺德府、河间府和大名府均有大疫，并且是烈性传染病的流行，“瘟疫传染，人死八九”。
崇祯十四年（1641年），疫情进一步发展。在大名府，“春无雨，蝗蝻食麦尽，瘟疫大行，人死十之五六，岁大凶”，死亡人口的比率相当高。左懋第督催漕运，道中驰疏言：“臣自静海抵临清，见人民饥死者三，疫死者三，为盗者四。米石银二十四两，人死取以食。惟圣明垂念。”七月，疫疾从北直隶传染至北京，病名叫“疙瘩病”，夏秋大疫，人偶生一赘肉隆起，数刻立死，谓之疙瘩瘟，人患此者十四五。至春间又有呕血者，或一家数人并死。
崇祯十五年，天津开始爆发大鼠疫，有朝染夕死者，日每不下数百人。排门逐户，无一保全。
崇祯严厉的扫视群臣，冷冷说道：“朕昨日批阅奏章才知晓，北京城内，有一人忽然在身体肢节间突生一个‘小瘰’，接着‘饮食不进，目眩作热’，还会呕吐出‘如西瓜败肉’的东西。一人感染，全家都会传染，甚至有的‘阖门皆殁’，全家死绝。亲戚更是不敢上门慰问吊唁，因为只要一进病家门口，必会感染，等到他回去时，又把瘟疫带回了自己家中，瘟疫死亡如此之巨，尔等就没有什么好的办法吗？”
对于瘟疫，这些大臣的确没有什么好的办法，大家只得闭口不言，等待崇祯皇帝发飙。此时兵部右侍郎吴甡答道：“回禀陛下，臣有一亲人，精通医术，尤其是擅长瘟病，只要陛下恩准，臣这就去请他。”
“哦，吴大人还有这样亲戚，什么名字，现在何处，快快请来，朕定有重赏。”
“吴氏族内兄长吴有性，如今为上海科学岛、上海医院首席医学专家，听说皇贵妃的毒症就是他所治愈。”
“吴有性，这个名字朕倒是耳熟，不错皇贵妃的病就是他治愈的，可惜他身在上海，会不会不愿前来啊！”对于南京的事情，崇祯还是有些头疼，毕竟已经吃过两次亏了，如果再有第三次，就怕真的无法化解。
“皇上，兄长乃是大明子民，只要臣修书一封，必来。”
“好、好，吴侍郎果然大明的忠臣。”崇祯脸上终于有了一丝喜色，随即站起高声说道：“最后一件事情不用讨论，是朕的罪己诏，以向上天，向天下的黎民百姓认罪，朕这个皇帝的失德、犯错造成了上苍的惩罚，祈求天下百姓谅解，朕自当反省，尽心尽责办事。”
随着罪己诏发布的同时，还有内阁辅臣的极大变动，内阁次辅、太子太保，文渊阁大学士贺逢圣致仕，礼部尚书兼东阁大学士张四知罢免，太子少傅，户部尚书、东阁大学士魏照乘削籍，少保兼太子太保、吏部尚书、武英殿大学士谢升削籍，一下去了四名辅臣。
户部尚书、东阁大学士陈演晋为武英殿大学士，蒋德璟晋礼部尚书兼东阁大学士入阁，黄景昉晋礼部尚书兼东阁大学士入阁，吴甡晋礼部尚书兼东阁大学士入阁，加上原来内阁首辅、少师兼太子太师、中极殿大学士周延儒一共是五位内阁辅臣，当然还有一位从不参政的内阁辅臣，那就是太师、右都御史、中极殿大学士卓青枫。（注：《国榷》中就是都封为礼部尚书兼东阁大学士，应该都是加衔，并非真正的礼部尚书，就像是明朝的右都御史、佥事之类。）
始，榆林府和延安府属县相继发生大疫，崇祯十年“大瘟，脂城中死者枕藉。崇祯十三年（1640年），顺德府、河间府和大名府均有大疫，并且是烈性传染病的流行，“瘟疫传染，人死八九”。
崇祯十四年（1641年），疫情进一步发展。在大名府，“春无雨，蝗蝻食麦尽，瘟疫大行，人死十之五六，岁大凶”，死亡人口的比率相当高。左懋第督催漕运，道中驰疏言：“臣自静海抵临清，见人民饥死者三，疫死者三，为盗者四。米石银二十四两，人死取以食。惟圣明垂念。”七月，疫疾从北直隶传染至北京，病名叫“疙瘩病”，夏秋大疫，人偶生一赘肉隆起，数刻立死，谓之疙瘩瘟，人患此者十四五。至春间又有呕血者，或一家数人并死。
崇祯十五年，天津开始爆发大鼠疫，有朝染夕死者，日每不下数百人。排门逐户，无一保全。
崇祯严厉的扫视群臣，冷冷说道：“朕昨日批阅奏章才知晓，北京城内，有一人忽然在身体肢节间突生一个‘小瘰’，接着‘饮食不进，目眩作热’，还会呕吐出‘如西瓜败肉’的东西。一人感染，全家都会传染，甚至有的‘阖门皆殁’，全家死绝。亲戚更是不敢上门慰问吊唁，因为只要一进病家门口，必会感染，等到他回去时，又把瘟疫带回了自己家中，瘟疫死亡如此之巨，尔等就没有什么好的办法吗？”
对于瘟疫，这些大臣的确没有什么好的办法，大家只得闭口不言，等待崇祯皇帝发飙。此时兵部右侍郎吴甡答道：“回禀陛下，臣有一亲人，精通医术，尤其是擅长瘟病，只要陛下恩准，臣这就去请他。”
“哦，吴大人还有这样亲戚，什么名字，现在何处，快快请来，朕定有重赏。”
“吴氏族内兄长吴有性，如今为上海科学岛、上海医院首席医学专家，听说皇贵妃的毒症就是他所治愈。”
“吴有性，这个名字朕倒是耳熟，不错皇贵妃的病就是他治愈的，可惜他身在上海，会不会不愿前来啊！”对于南京的事情，崇祯还是有些头疼，毕竟已经吃过两次亏了，如果再有第三次，就怕真的无法化解。
“皇上，兄长乃是大明子民，只要臣修书一封，必来。”
“好、好，吴侍郎果然大明的忠臣。”崇祯脸上终于有了一丝喜色，随即站起高声说道：“最后一件事情不用讨论，是朕的罪己诏，以向上天，向天下的黎民百姓认罪，朕这个皇帝的失德、犯错造成了上苍的惩罚，祈求天下百姓谅解，朕自当反省，尽心尽责办事。”
随着罪己诏发布的同时，还有内阁辅臣的极大变动，内阁次辅、太子太保，文渊阁大学士贺逢圣致仕，礼部尚书兼东阁大学士张四知罢免，太子少傅，户部尚书、东阁大学士魏照乘削籍，少保兼太子太保、吏部尚书、武英殿大学士谢升削籍，一下去了四名辅臣。
户部尚书、东阁大学士陈演晋为武英殿大学士，蒋德璟晋礼部尚书兼东阁大学士入阁，黄景昉晋礼部尚书兼东阁大学士入阁，吴甡晋礼部尚书兼东阁大学士入阁，加上原来内阁首辅、少师兼太子太师、中极殿大学士周延儒一共是五位内阁辅臣，当然还有一位从不参政的内阁辅臣，那就是太师、右都御史、中极殿大学士卓青枫。（注：《国榷》中就是都封为礼部尚书兼东阁大学士，应该都是加衔，并非真正的礼部尚书，就像是明朝的右都御史、佥事之类。）