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请求敦促，他才接受。
建武元年(494)冬十月二十二日，高宗萧鸾即皇帝位。下诏说：“我们大齐自从受禅建国，君临天下，既神且武，光明美好，长治久安，固若磐石。不料高层统治中途出现了麻烦，朝廷出现问题，后继的皇上多有失误，各地的祸患时有发生，眼见伟大的事业就要沉没。宣德皇后鉴于历史教训，遵照历来典章，采纳大家意见，制定英明决策，把国家前途放到我一个人肩上。我这个人能力浅薄，要我来继承大业，上对高天，下对万民，想念前辈，我真是战战兢兢，如履薄冰，日夜忧惧，不知该如何是好，我愿意和普天下人开辟新局面。特命大赦天下，改元，身为宿卫者普遍提升一级，其他文武官员，赐位二等。所有建武元年以前拖欠的旧债和折换所欠的官家东西，一概予以免除。所有被抄没的叛乱者家属，也全部释放。犯罪被流放者，也都放还本乡。”任命太尉王敬则为大司马，司空陈显达为太尉，尚书令王晏加骠骑大将军，中领军萧谌为领军将军、南徐州刺史，皇子萧宝义为扬州刺史，中护军王玄邈为南兖州刺史，新任命的右将军张瑰为右光禄大夫，平北将军王广之为江州刺史。二十四日，下诏禁止远近各地上献庆礼。二十六日，诏：“从今以后，所有雕文篆刻，岁时光新，全部停止。地方长官如果搞祭祀，必须是在自己任职的地域里的才行，否则要严加禁绝。”追赠安陆昭侯萧缅为安陆王。二十八日，任命安陆侯的儿子萧宝日至为湘州刺史。下诏说：“近来在职官吏，往往违反规定，谋私害公，这将养成危害人民的蠹虫。从现在起商旅税，石头、后渚的各项征税以及征派征盐借用民工等等摊派，一概停息。各地对凡属公家应该征收的项目，要立刻明文规定。主管部门要详细制定要求内容，有关法律部门要明下监察。”
十一月初三，任命西中郎长史始安王萧遥光为扬州刺史，晋寿太守王洪范为青、冀二州刺史，尚书令王晏领太子少傅。四日，给大司马寻阳公王敬则等十三人各晋封爵位和食邑不一。下诏取消新林苑，土地皆还原主，原欠债务作价抵销。十日，立皇子萧宝义为晋安王，萧宝玄为江夏王，萧宝源为庐陵王，萧宝寅为建安王，萧宝融为随郡王，萧宝攸为南平王。十四日，下诏说：“乡镇负责人俸禄微薄，不够代替种田，虽然当地经常有所供给，也很劳费，从现在起全都取消。”又下诏“宣城国五品以上官员都按优等政绩予以晋升奖励。五品以下，都可随便自寻去处。有愿意做官的，可根据其兴趣作适当安排。”十五日，追尊始安贞王为景皇，妃为懿后。十六日，任命辅国将军闻喜公萧遥欣为荆州刺史，宁朔将军丰城公萧遥昌为豫州刺史。十七日，下诏：“中署、材官、车府等处的精巧工匠，允许分期分批交替放假休息。”十八日，立萧宝卷为皇太子，赐天下为父后的人爵一级，孝子顺孙义夫节妇，普遍予以奖励和表彰。住宅贴上光荣榜，并赐给南齐书束帛。”十九日，下诏：“太子初立，各地有的送来庆礼，应该一律停止。”二十二日，任命新上任的征虏将军江夏王萧宝玄为郢州刺史。永明年间，御史中丞沈渊曾上表反映百官年龄一到七十岁，都令他们退休了，他们在家里很穷困。三十日，下诏说：“近日允许各部门老年官员自己提出要求，东西二省的官员，还有些俸禄，一旦退休了，便荣誉和收入都没有了，为了体现爱老的精神和同情的心情，对到达退休年龄的官员，一律按照永明七年以前的晋升奖赏办法办理。”对皇上在辅政期间诛杀的各位宗王，都在这个月里恢复了地位，并封他们的儿子为侯。
十二月十二日，下诏说：“光凭在上层观察政治难免有遗漏，而处在下层的不容易把意见反映上来。所以古人歌颂甘棠诗是赞美体察民情，咏赞肺石是希望能允许提意见。以后我每月要看一次有关报告，如有含冤者未予申平的，正直者没被举荐的，有关部门要承担责任。”
建武二年(495)春正月初一，下诏“京师在押囚犯，已判死刑的，降为五年徒刑。三署在押囚徒已判五年以下徒刑的，全都释放。王公以下官员，都要推荐人才。并和王公卿士内外群僚一起，指出我的缺点错误，可以肆无忌惮地提意见。”索虏寇掠司、豫、徐、梁四州。初二，派遣镇南将军王广之督师司州征讨，右卫将军萧坦之督师徐州征讨，尚书右仆射沈文季督师豫州征讨。初九，下诏对京师两县被毁被挖的坟垅进行适当修理。又下诏说：“民以食为天，蚕是生活之本，这是古代圣王极为重视的，前哲的典范便是后王的准则，这是我们一切工作的出发点。我身居皇位，心怀天下，日理万机，不暇休息，早晚考虑，坐卧不忘。各地长官是百姓的主人，负有调理风俗的职责，应该严格对待农桑生产，不要让百姓懈怠懒惰，而应努力生产，发挥地利，加固堤防，考核成绩。如果粮蚕生产上去了，就要把成绩上报，对那些游闲荒怠生产的人，也要揭发检举，有关负责部门要详细核实处理。”二十五日，索虏攻打钟离，被徐州刺史萧惠休击败。二十六日，加太尉陈显达使持节、都督西北征讨诸军事。二十七日，内外戒严。
三月戊申日，下诏“由于南徐州侨旧民丁，很多人都到军队服役去了，特免除今年的各种赋税徭役。”已未日，司州刺史萧谌配合众军，击破敌虏。下诏“雍、豫、司、南兖、徐五州受到寇掠的人家，都免交今年的税调。有与敌虏勾结者，一概免予追究以前的罪过。”丙寅日，免去青州的麦租。敌虏从寿春退去。十五日，撤销戒严。
夏四月初一，下诏“京城三百里境内的官司案件，都集中到京师来，即日听候阅处。此外各地的官司案件由州郡长官审讯处理。三署的囚徒奴隶，适当减刑或释放。”索虏包围汉中，被梁州刺史萧懿打退了。二十一日，任命新上任的黄门郎裴叔业为徐州刺史。
五月二十六日，寝庙落成，下诏“监作长帅人员，赐给职位一等，在役人员放假休息一年，非在役人员放假期间免征租税。”
六月二十五日，诛杀领军将军萧谌、西阳王萧子明、南海王萧子罕、邵陵王萧子贞。二十八日，任命右卫将军萧坦之为领军将军。
秋七月初四，任命右将军晋安王萧宝义为南徐州刺史。初五，任命冠军将军梁王为司州刺史。二十四日，任命氐人杨馥之为北秦州刺史并封他为仇池公。
八月十一日，任命右卫将军庐陵王萧宝源为南兖州刺史。十四日，任命才提拔为辅国将军的申希祖为兖州刺史。
九月二十三日，改封南平王萧宝攸为邵陵王，蜀郡王萧子文为西阳王，广汉王萧子峻为衡阳王，临海王萧昭秀为巴陵王，永嘉王萧昭粲为桂阳王。
冬十月初八，下诏说：“反对浪费，提倡节约，是前代圣王的一贯作风。我的执政恰处于流弊之末，民风浅浮之世，虽然本人严格要求自己，但社会上仍然没能养成礼让的风气，俗间仍然竞相侈比。看到这样的局面，我不免心中生愧，为了使风俗返朴归淳，现要求撤销东田，毁掉兴光楼。”并指示有关计量部门适当节缩车轿等交通工具。二十日，为皇太子娶妃褚氏，大赦天下。对王公以下官员都给予数量不一的赏赐。禁止各地送礼。
十二月初三，下诏说：“旧国城镇看着不免怅然。何况自当皇帝以后，整天身居宫殿里，有的人当年功高济时，德泽当世，而死后坟茔荒芜，封树杂乱，这实足引起悲凉和感叹啊！当初中京沦落，朝廷东迁，晋元帝缔造在前，简文帝中兴于后，他们的功绩深入民心，但他们的陵墓一派荒凉。虽然年代已经久远了，但每想起来心中仍不能平静。晋帝的各个陵墓要好好加以修理，并增加守卫人员。吴、晋陵二郡，要适当减免赋税徭役。”
建武三年(496)春正月初三，任命阴平王杨炅的儿子杨崇祖为沙州刺史，封阴平王。任命北中郎将建安王萧宝寅为江州刺史。初五，下诏申明守长六周之制。二十一日，下诏“去年索虏寇掠边境，边境一带各州郡将士有阵亡或疾病死亡的，都要送还其故乡。”
三月十九日，下诏“住宅和交南齐书通工具上凡用金银作装饰加固的，一律剔除。”
夏四月，敌虏寇掠司州，被守军击败。
五月初七，任命征虏将军萧懿为益州刺史，前军将军阴广宗为梁、南秦二州刺史，前新授职的宁州刺史李庆宗为宁州刺史。
秋九月初一，任命冠军将军徐玄庆为兖州刺史。
闰十二月二十日，为皇太子举行加冠礼，赐王公以下官员帛数量不一，为父后都赐爵一级。禁止各地送礼。又下诏“今年不必光新，可以用现钱发给百官。”
建武四年(497)春正月初六，大赦天下。下诏说：“佳肴祭祀，必须用最甘美的才行，佩戴王圭璋，也必须用最好的玉石制作才行，因此不论制造何物，首先要从根本上做起，治理国家，也要以教育为重。过去国家康宁时，建了不少学校，后来遇到艰难，便暂时省废了，转眼之间，已是多年没听到读书声了。思古虑今，日夜难忘。如今天下安宁，人心思治，正是兴学施教的好时候。应按照已有的规定，广泛招收贵族子弟，入学接受培养，发扬大业，光被后世。”壬寅日，下诏“对那些生了儿子的父母，免除其徭役一年，并赐给米十斛。新婚夫妇，免其服役一年。”丙辰日，诛杀尚书令王晏。
二月初七，任命左仆射徐孝嗣为尚书令，征虏将军萧季敞为广州刺史。
三月初八，任命右仆射沈文季领护军将军。
秋八月，追尊景皇生母为恭太后。索虏寇掠沔北。
冬十月，索虏又寇掠司州，二十日，派遣太子中庶子梁王、右军司马张稷征讨。
十一月丙辰日，任命氐人杨灵珍为北秦州刺史，并封他为仇池公，武都王。初四，下诏：“各地有在愿意让出屋宅种田植桑的，可适当减少旧价。”
十二月十一日，任命冠军将军裴叔业为豫州刺史，冠军将军徐玄庆为徐州刺史，宁朔将军左兴盛为兖州刺史。二十四日，派遣度支尚书崔慧景率众援救雍州。
永泰元年(498)春正月初一，大赦天下。免除建武四年以前所拖欠的租税债务。命中军大将军徐孝嗣在本官之上开府仪同三司。沔北各郡遭索虏侵掠、相继失陷。二十三日，派遣太尉陈显达持节援救雍州。二十五日，诛杀河东王萧铉、临贺王萧子岳、西阳王萧子文、衡阳王萧子峻、南康王萧子琳、永阳王萧子珉、湘东王萧子建、南郡王萧子夏、桂阳王萧昭粲、巴陵王萧昭秀。
二月初一，派遣左卫将军萧惠休假节援救寿阳。十九日，豫州刺史裴叔业在淮北击破索虏。二十九日，任命平西将军萧遥欣领雍州刺史。
三月二十五日，免除雍州受虏侵害各县的租布。二十七日，下诏说：“孔子是光辉伟大的圣贤哲人，他弘扬雅道，教导生民，是帝王们的师表，是千秋万代的轨仪，万众敬仰，忠孝所出，他的功德泽被天下。虽然年代已经久远，但人们对他的敬祭仍然不断。而且他享受的规格，和诸侯一样。近年来对孔子的祭祀制度被破坏了，弄得他的庙堂里经常没有享品，这怎么能光扬道德、兴隆教化呢？应该依照原有制度，恢复祭祀规格，适时举行祭礼。”
夏四月初三，改元，对三署在押囚犯都有不同程度的赦免。文武官员赐位三等。丙戌日，任命镇军将军萧坦之为侍中、中领军。初八，立武陵昭王儿子萧子坦为衡阳王。十五日，任命西中郎长史刘暄为郢州刺史。十六日，大司马会稽太守王敬则举兵反叛。
五月初二，派遣辅国将军刘山阳率军东讨。初五，斩杀王敬则传首示众，权且赦免浙东、吴、晋陵七郡。任命后军长史萧颖胄为南兖州刺史。十七日，任命北中郎将司马元和为兖州刺史。
秋七月，任命辅国将军王珍国为青、冀二州刺史。二十四日，任命太子中庶子梁王为雍州刺史，太尉陈显达为江州刺史。
三十日，皇帝在正福殿逝世，终年四十七岁。遗诏说：“徐令要重申八命，中书监本官皆仍旧，沈文季可任左仆射，常侍、护军仍旧，江纏可任右仆射，江祀可任侍中，刘暄可任卫尉。军政大事交给陈太尉主持。内外事务不论大小都交给徐孝嗣、萧遥光、萧坦之、江纏处理，重大事情要和沈文季、江祀、刘暄商议决定。特别重大而机要的任务，可交给刘悛、萧惠休、崔惠景去完成。”葬在兴安陵。
皇帝为人清醒精明，有办事才能，坚持法律无所谘借，控驭亲戚幸臣，臣下不敢胡作非为。驱使寒人不得用四幅伞，非常注重俭约。拆除世祖所建的新林苑，把土地还给老百姓。废除文帝所起的太子东田，拆除变卖掉。永明年间下令舟车舆辇上的所有金银饰物全都剔除下来，收还主衣库。太官送饭来，有大馅饼，皇帝说：“我吃不完，可以一开四半，剩下的晚上吃。”但对世祖嫔妃居处中的宫殿服饰及用具，一点也没改变。
皇帝生性猜忌多虑，所以大行诛戮。暗中相信道术，用以计数，出门时，要先占卜利害，往南去则说是往西去，往东去则说往北去。很少出入，竟从来不到南郊祭祖。南齐书生病初期，还不放下政务，对外保密。到了病倒很长时间，才命令有关部门行文寻求白鱼治病，外边才知道。喜欢穿深红色衣服，服饰都是赤色，用来诅咒制胜。巫觋说：“后湖水头经过宫内，造成皇帝生病。”皇帝便自己跑到太官处要求开水沟，身边的人对他说：“太官如果没有这水就要关门了。”但皇帝仍决意要填塞后湖，打算南引淮水入京。只是由于去世了，这事才作罢。
本史作者认为：高宗为皇家的庶支当上了皇帝，从他作为犹子说来，弄到后来的局面，也不是他的本意，而他的继承者，恐怕也难免厄运。然而他大行诛戮，动机是多方面的，有的是出于性格的残忍，有的是由于畏慑。导致同一统治集团的亲族被他抛弃，亲手提拔的心腹，也不能信任使用为自己效力。既深怀疑怯，再加上猜忌，虽然他施行诛杀时往往流泪不忍，但也不能说他的行为合乎仁义，但要他苟且求安，恐怕他又心有不甘。既而大臣们自己培养势力，使得皇室后代孤立虚弱，造成皇权不能巩固，终于覆灭社稷。如果他能信从天命，让皇位给具有这种征兆的人，像盘庚继承其兄阳甲帝位那样，推诚布公处理天下大事，大约便不会招致讥笑了吧！
赞语：高宗虽说是出自旁支，他能接管政权也是很值得庆幸。他向往着俭约德行，也制定过不少法令。执政期间小心谨慎，处理事务透彻严明。可惜自从沔阳失陷，他的美政愿望终于无成。
请求敦促，他才接受。
建武元年(494)冬十月二十二日，高宗萧鸾即皇帝位。下诏说：“我们大齐自从受禅建国，君临天下，既神且武，光明美好，长治久安，固若磐石。不料高层统治中途出现了麻烦，朝廷出现问题，后继的皇上多有失误，各地的祸患时有发生，眼见伟大的事业就要沉没。宣德皇后鉴于历史教训，遵照历来典章，采纳大家意见，制定英明决策，把国家前途放到我一个人肩上。我这个人能力浅薄，要我来继承大业，上对高天，下对万民，想念前辈，我真是战战兢兢，如履薄冰，日夜忧惧，不知该如何是好，我愿意和普天下人开辟新局面。特命大赦天下，改元，身为宿卫者普遍提升一级，其他文武官员，赐位二等。所有建武元年以前拖欠的旧债和折换所欠的官家东西，一概予以免除。所有被抄没的叛乱者家属，也全部释放。犯罪被流放者，也都放还本乡。”任命太尉王敬则为大司马，司空陈显达为太尉，尚书令王晏加骠骑大将军，中领军萧谌为领军将军、南徐州刺史，皇子萧宝义为扬州刺史，中护军王玄邈为南兖州刺史，新任命的右将军张瑰为右光禄大夫，平北将军王广之为江州刺史。二十四日，下诏禁止远近各地上献庆礼。二十六日，诏：“从今以后，所有雕文篆刻，岁时光新，全部停止。地方长官如果搞祭祀，必须是在自己任职的地域里的才行，否则要严加禁绝。”追赠安陆昭侯萧缅为安陆王。二十八日，任命安陆侯的儿子萧宝日至为湘州刺史。下诏说：“近来在职官吏，往往违反规定，谋私害公，这将养成危害人民的蠹虫。从现在起商旅税，石头、后渚的各项征税以及征派征盐借用民工等等摊派，一概停息。各地对凡属公家应该征收的项目，要立刻明文规定。主管部门要详细制定要求内容，有关法律部门要明下监察。”
十一月初三，任命西中郎长史始安王萧遥光为扬州刺史，晋寿太守王洪范为青、冀二州刺史，尚书令王晏领太子少傅。四日，给大司马寻阳公王敬则等十三人各晋封爵位和食邑不一。下诏取消新林苑，土地皆还原主，原欠债务作价抵销。十日，立皇子萧宝义为晋安王，萧宝玄为江夏王，萧宝源为庐陵王，萧宝寅为建安王，萧宝融为随郡王，萧宝攸为南平王。十四日，下诏说：“乡镇负责人俸禄微薄，不够代替种田，虽然当地经常有所供给，也很劳费，从现在起全都取消。”又下诏“宣城国五品以上官员都按优等政绩予以晋升奖励。五品以下，都可随便自寻去处。有愿意做官的，可根据其兴趣作适当安排。”十五日，追尊始安贞王为景皇，妃为懿后。十六日，任命辅国将军闻喜公萧遥欣为荆州刺史，宁朔将军丰城公萧遥昌为豫州刺史。十七日，下诏：“中署、材官、车府等处的精巧工匠，允许分期分批交替放假休息。”十八日，立萧宝卷为皇太子，赐天下为父后的人爵一级，孝子顺孙义夫节妇，普遍予以奖励和表彰。住宅贴上光荣榜，并赐给南齐书束帛。”十九日，下诏：“太子初立，各地有的送来庆礼，应该一律停止。”二十二日，任命新上任的征虏将军江夏王萧宝玄为郢州刺史。永明年间，御史中丞沈渊曾上表反映百官年龄一到七十岁，都令他们退休了，他们在家里很穷困。三十日，下诏说：“近日允许各部门老年官员自己提出要求，东西二省的官员，还有些俸禄，一旦退休了，便荣誉和收入都没有了，为了体现爱老的精神和同情的心情，对到达退休年龄的官员，一律按照永明七年以前的晋升奖赏办法办理。”对皇上在辅政期间诛杀的各位宗王，都在这个月里恢复了地位，并封他们的儿子为侯。
十二月十二日，下诏说：“光凭在上层观察政治难免有遗漏，而处在下层的不容易把意见反映上来。所以古人歌颂甘棠诗是赞美体察民情，咏赞肺石是希望能允许提意见。以后我每月要看一次有关报告，如有含冤者未予申平的，正直者没被举荐的，有关部门要承担责任。”
建武二年(495)春正月初一，下诏“京师在押囚犯，已判死刑的，降为五年徒刑。三署在押囚徒已判五年以下徒刑的，全都释放。王公以下官员，都要推荐人才。并和王公卿士内外群僚一起，指出我的缺点错误，可以肆无忌惮地提意见。”索虏寇掠司、豫、徐、梁四州。初二，派遣镇南将军王广之督师司州征讨，右卫将军萧坦之督师徐州征讨，尚书右仆射沈文季督师豫州征讨。初九，下诏对京师两县被毁被挖的坟垅进行适当修理。又下诏说：“民以食为天，蚕是生活之本，这是古代圣王极为重视的，前哲的典范便是后王的准则，这是我们一切工作的出发点。我身居皇位，心怀天下，日理万机，不暇休息，早晚考虑，坐卧不忘。各地长官是百姓的主人，负有调理风俗的职责，应该严格对待农桑生产，不要让百姓懈怠懒惰，而应努力生产，发挥地利，加固堤防，考核成绩。如果粮蚕生产上去了，就要把成绩上报，对那些游闲荒怠生产的人，也要揭发检举，有关负责部门要详细核实处理。”二十五日，索虏攻打钟离，被徐州刺史萧惠休击败。二十六日，加太尉陈显达使持节、都督西北征讨诸军事。二十七日，内外戒严。
三月戊申日，下诏“由于南徐州侨旧民丁，很多人都到军队服役去了，特免除今年的各种赋税徭役。”已未日，司州刺史萧谌配合众军，击破敌虏。下诏“雍、豫、司、南兖、徐五州受到寇掠的人家，都免交今年的税调。有与敌虏勾结者，一概免予追究以前的罪过。”丙寅日，免去青州的麦租。敌虏从寿春退去。十五日，撤销戒严。
夏四月初一，下诏“京城三百里境内的官司案件，都集中到京师来，即日听候阅处。此外各地的官司案件由州郡长官审讯处理。三署的囚徒奴隶，适当减刑或释放。”索虏包围汉中，被梁州刺史萧懿打退了。二十一日，任命新上任的黄门郎裴叔业为徐州刺史。
五月二十六日，寝庙落成，下诏“监作长帅人员，赐给职位一等，在役人员放假休息一年，非在役人员放假期间免征租税。”
六月二十五日，诛杀领军将军萧谌、西阳王萧子明、南海王萧子罕、邵陵王萧子贞。二十八日，任命右卫将军萧坦之为领军将军。
秋七月初四，任命右将军晋安王萧宝义为南徐州刺史。初五，任命冠军将军梁王为司州刺史。二十四日，任命氐人杨馥之为北秦州刺史并封他为仇池公。
八月十一日，任命右卫将军庐陵王萧宝源为南兖州刺史。十四日，任命才提拔为辅国将军的申希祖为兖州刺史。
九月二十三日，改封南平王萧宝攸为邵陵王，蜀郡王萧子文为西阳王，广汉王萧子峻为衡阳王，临海王萧昭秀为巴陵王，永嘉王萧昭粲为桂阳王。
冬十月初八，下诏说：“反对浪费，提倡节约，是前代圣王的一贯作风。我的执政恰处于流弊之末，民风浅浮之世，虽然本人严格要求自己，但社会上仍然没能养成礼让的风气，俗间仍然竞相侈比。看到这样的局面，我不免心中生愧，为了使风俗返朴归淳，现要求撤销东田，毁掉兴光楼。”并指示有关计量部门适当节缩车轿等交通工具。二十日，为皇太子娶妃褚氏，大赦天下。对王公以下官员都给予数量不一的赏赐。禁止各地送礼。
十二月初三，下诏说：“旧国城镇看着不免怅然。何况自当皇帝以后，整天身居宫殿里，有的人当年功高济时，德泽当世，而死后坟茔荒芜，封树杂乱，这实足引起悲凉和感叹啊！当初中京沦落，朝廷东迁，晋元帝缔造在前，简文帝中兴于后，他们的功绩深入民心，但他们的陵墓一派荒凉。虽然年代已经久远了，但每想起来心中仍不能平静。晋帝的各个陵墓要好好加以修理，并增加守卫人员。吴、晋陵二郡，要适当减免赋税徭役。”
建武三年(496)春正月初三，任命阴平王杨炅的儿子杨崇祖为沙州刺史，封阴平王。任命北中郎将建安王萧宝寅为江州刺史。初五，下诏申明守长六周之制。二十一日，下诏“去年索虏寇掠边境，边境一带各州郡将士有阵亡或疾病死亡的，都要送还其故乡。”
三月十九日，下诏“住宅和交南齐书通工具上凡用金银作装饰加固的，一律剔除。”
夏四月，敌虏寇掠司州，被守军击败。
五月初七，任命征虏将军萧懿为益州刺史，前军将军阴广宗为梁、南秦二州刺史，前新授职的宁州刺史李庆宗为宁州刺史。
秋九月初一，任命冠军将军徐玄庆为兖州刺史。
闰十二月二十日，为皇太子举行加冠礼，赐王公以下官员帛数量不一，为父后都赐爵一级。禁止各地送礼。又下诏“今年不必光新，可以用现钱发给百官。”
建武四年(497)春正月初六，大赦天下。下诏说：“佳肴祭祀，必须用最甘美的才行，佩戴王圭璋，也必须用最好的玉石制作才行，因此不论制造何物，首先要从根本上做起，治理国家，也要以教育为重。过去国家康宁时，建了不少学校，后来遇到艰难，便暂时省废了，转眼之间，已是多年没听到读书声了。思古虑今，日夜难忘。如今天下安宁，人心思治，正是兴学施教的好时候。应按照已有的规定，广泛招收贵族子弟，入学接受培养，发扬大业，光被后世。”壬寅日，下诏“对那些生了儿子的父母，免除其徭役一年，并赐给米十斛。新婚夫妇，免其服役一年。”丙辰日，诛杀尚书令王晏。
二月初七，任命左仆射徐孝嗣为尚书令，征虏将军萧季敞为广州刺史。
三月初八，任命右仆射沈文季领护军将军。
秋八月，追尊景皇生母为恭太后。索虏寇掠沔北。
冬十月，索虏又寇掠司州，二十日，派遣太子中庶子梁王、右军司马张稷征讨。
十一月丙辰日，任命氐人杨灵珍为北秦州刺史，并封他为仇池公，武都王。初四，下诏：“各地有在愿意让出屋宅种田植桑的，可适当减少旧价。”
十二月十一日，任命冠军将军裴叔业为豫州刺史，冠军将军徐玄庆为徐州刺史，宁朔将军左兴盛为兖州刺史。二十四日，派遣度支尚书崔慧景率众援救雍州。
永泰元年(498)春正月初一，大赦天下。免除建武四年以前所拖欠的租税债务。命中军大将军徐孝嗣在本官之上开府仪同三司。沔北各郡遭索虏侵掠、相继失陷。二十三日，派遣太尉陈显达持节援救雍州。二十五日，诛杀河东王萧铉、临贺王萧子岳、西阳王萧子文、衡阳王萧子峻、南康王萧子琳、永阳王萧子珉、湘东王萧子建、南郡王萧子夏、桂阳王萧昭粲、巴陵王萧昭秀。
二月初一，派遣左卫将军萧惠休假节援救寿阳。十九日，豫州刺史裴叔业在淮北击破索虏。二十九日，任命平西将军萧遥欣领雍州刺史。
三月二十五日，免除雍州受虏侵害各县的租布。二十七日，下诏说：“孔子是光辉伟大的圣贤哲人，他弘扬雅道，教导生民，是帝王们的师表，是千秋万代的轨仪，万众敬仰，忠孝所出，他的功德泽被天下。虽然年代已经久远，但人们对他的敬祭仍然不断。而且他享受的规格，和诸侯一样。近年来对孔子的祭祀制度被破坏了，弄得他的庙堂里经常没有享品，这怎么能光扬道德、兴隆教化呢？应该依照原有制度，恢复祭祀规格，适时举行祭礼。”
夏四月初三，改元，对三署在押囚犯都有不同程度的赦免。文武官员赐位三等。丙戌日，任命镇军将军萧坦之为侍中、中领军。初八，立武陵昭王儿子萧子坦为衡阳王。十五日，任命西中郎长史刘暄为郢州刺史。十六日，大司马会稽太守王敬则举兵反叛。
五月初二，派遣辅国将军刘山阳率军东讨。初五，斩杀王敬则传首示众，权且赦免浙东、吴、晋陵七郡。任命后军长史萧颖胄为南兖州刺史。十七日，任命北中郎将司马元和为兖州刺史。
秋七月，任命辅国将军王珍国为青、冀二州刺史。二十四日，任命太子中庶子梁王为雍州刺史，太尉陈显达为江州刺史。
三十日，皇帝在正福殿逝世，终年四十七岁。遗诏说：“徐令要重申八命，中书监本官皆仍旧，沈文季可任左仆射，常侍、护军仍旧，江纏可任右仆射，江祀可任侍中，刘暄可任卫尉。军政大事交给陈太尉主持。内外事务不论大小都交给徐孝嗣、萧遥光、萧坦之、江纏处理，重大事情要和沈文季、江祀、刘暄商议决定。特别重大而机要的任务，可交给刘悛、萧惠休、崔惠景去完成。”葬在兴安陵。
皇帝为人清醒精明，有办事才能，坚持法律无所谘借，控驭亲戚幸臣，臣下不敢胡作非为。驱使寒人不得用四幅伞，非常注重俭约。拆除世祖所建的新林苑，把土地还给老百姓。废除文帝所起的太子东田，拆除变卖掉。永明年间下令舟车舆辇上的所有金银饰物全都剔除下来，收还主衣库。太官送饭来，有大馅饼，皇帝说：“我吃不完，可以一开四半，剩下的晚上吃。”但对世祖嫔妃居处中的宫殿服饰及用具，一点也没改变。
皇帝生性猜忌多虑，所以大行诛戮。暗中相信道术，用以计数，出门时，要先占卜利害，往南去则说是往西去，往东去则说往北去。很少出入，竟从来不到南郊祭祖。南齐书生病初期，还不放下政务，对外保密。到了病倒很长时间，才命令有关部门行文寻求白鱼治病，外边才知道。喜欢穿深红色衣服，服饰都是赤色，用来诅咒制胜。巫觋说：“后湖水头经过宫内，造成皇帝生病。”皇帝便自己跑到太官处要求开水沟，身边的人对他说：“太官如果没有这水就要关门了。”但皇帝仍决意要填塞后湖，打算南引淮水入京。只是由于去世了，这事才作罢。
本史作者认为：高宗为皇家的庶支当上了皇帝，从他作为犹子说来，弄到后来的局面，也不是他的本意，而他的继承者，恐怕也难免厄运。然而他大行诛戮，动机是多方面的，有的是出于性格的残忍，有的是由于畏慑。导致同一统治集团的亲族被他抛弃，亲手提拔的心腹，也不能信任使用为自己效力。既深怀疑怯，再加上猜忌，虽然他施行诛杀时往往流泪不忍，但也不能说他的行为合乎仁义，但要他苟且求安，恐怕他又心有不甘。既而大臣们自己培养势力，使得皇室后代孤立虚弱，造成皇权不能巩固，终于覆灭社稷。如果他能信从天命，让皇位给具有这种征兆的人，像盘庚继承其兄阳甲帝位那样，推诚布公处理天下大事，大约便不会招致讥笑了吧！
赞语：高宗虽说是出自旁支，他能接管政权也是很值得庆幸。他向往着俭约德行，也制定过不少法令。执政期间小心谨慎，处理事务透彻严明。可惜自从沔阳失陷，他的美政愿望终于无成。